para que los acentos aparezcan en los alert, confirm y demás de javascript debemos usar el código unicode de cada uno de ellos.
Os dejo una imagen con los caracteres más usados
Para la pregunta "¿Estas seguro que deseas cambiar la contraseña?" en un confirm, lo debemos de escribir así:
confirm("\u00BFEst\u00E1s seguro que deseas cambiar la contrase\u00F1a?");
Saludos
